获得放线菌多样性的途径和方法

取样和收集方法

从特定的生态系统中分离有代表性的放线菌种群，尤其是那些存在于独特的生态环境中的放线菌种群，需要密切注意取样。收集样品可用无菌铲、无菌土壤剖面取样器、无菌镊子、无菌解剖刀、无菌手套、无菌取样袋和无菌塑料瓶，以尽可能保持样品不受污染。所取样品应该是取样地的代表，可代表特定的土壤类型和底层、枯枝落叶（草荐)和腐质、根围水平面和地带、海砂、沉积物和泥浆、植物表面和部位、水柱等。样品应该贴有标签，上面有详细的描述和日期。由于真正的土著种群的出现时短暂的，如放线菌数目在大雨之后大为减少，所以在收集样品时也要考虑季节性因素和暂时性因素。一旦样品进入实验室，应立即检测或者4℃贮存过夜，样品应该与倒平板、筛选和培养基收集的器具隔开，以降低螨虫侵扰的概率。

生态生理学参数和培养基

需考虑的生态生理学参数包括温度和PH值、离子强度、电势和底物浓度。这些参数中大多数是野外或者实验室测得的。下面所提到的放线菌的分离培养基经过了修改以适应将被检测的生态系统或栖息地。例如，在分离培养基中加入不同浓度的海水与河口的盐梯度相匹配。降低PH值以适应森林中不同的土壤底层。对于嗜冷菌（4-15℃）应降低培养温度，而对嗜热菌（55-70℃）应提高培养温度。初次分离可加入天然提取物（来自植物、岩石或者堆肥）作为生长因子（50-250ml/L).

放线菌是一种可非常高效地利用现存极低浓度的底物和复杂底物如几丁质等的微生物。因此大多数是在贫乏的或者简单的复合培养基中分离到，而不是在营养丰富的生长培养基中。除了嗜热菌和嗜冷菌外，其他放线菌菌落形成较慢，培养4-20天后在分离培养基上方可见到菌落。分离放线菌要选择更有利于放线菌生长的分离培养基。精氨酸-甘油盐、胶样几丁质、GAC、M3、淀粉-酪蛋白和水琼脂等培养基非常适合分离大多数放线菌。通常在分离培养基中加入抗真菌物质制霉菌素和放线菌酮以抑制真菌生长。为提高放线菌特定属的数目，可能还要加入其它抗生素。分离琼脂平板风干3天，以尽可能减少细菌生长。

从突然重非选择性分离放线菌

标准的稀释涂平板技术可用于从土壤中分离放线菌。根据经验，用干土可以提高分离所得放线菌的数目和种类。为减少细菌种群，所有的沉积物、泥浆和图样均置于无菌的玻璃平板室温下风干3-10天（取决于空气湿度）。然后将风干样品用无菌碾棒轻轻碾成粉末压印至放线菌分离平板，即用一块圆形的小海绵，直径为16mm，直接压印完后平板倒置于培养箱中培养。嗜冷菌在4-15℃培养可得单菌落；嗜温菌在22-35℃培养可得单菌落；嗜热菌在55℃和更高的温度下培养可得单菌落。在平板中贴上水饱和的滤纸片以防止琼脂平板在高温时变干。

从土壤总选择分离放线菌

对图样进行预处理以提高分离多的放线菌的数量或者更有利于特定属生长的方法有很多种。表3-1总结了一些有助于分离工液用放线菌的更切实可行的图样预处理法。图样预处理法和合适的选择性培养基两者相结合对于高效地分离特定属放线菌而言是很有必要的。